Okolí Jána Kuciaka však od začátku pracovalo hlavně s verzí, že podezřelým může být podnikatel Marián Kočner. Kontroverzní osoba je spojena s množstvím kauz a byla častým tématem Kuciakových článků. Na podzim 2017 Kočner novináři vyhrožoval, že bude hledat „špínu“ na jeho nejbližší rodinu a zničí mu kariéru. „Začneme se speciálně věnovat vám, vaší osobě, vaší matce, vašemu otci, vašim sourozencům,“ uvedl v zaznamenaném telefonátu. Kuciak si v září na Facebooku stěžoval, že ani 44 dní od podání trestního oznámení pro výhrůžky se policie jeho hlášením nezabývá. Podle policie nebyla Kočnerova slova trestním skutkem ani přestupkem.
Ján Kuciak psal třeba o podezřelých převodech bytů v bytovém komplexu Five Star Residence v Bratislavě. S budovou souvisí i kauza Bašternák, která začala informací o vratkách DPH. V budově bydlel také premiér Fico. Po vypuknutí kauzy slíbil, že se odstěhuje, léta to však neudělal.
Kočnerova firma Inkasný servis byla v hledáčku policie zejména kvůli podezřelým převodům hotelů Mariána Kočnera na Donovalech. Krácení daně však úřady prošetřovaly také u převodu bytů Five Stars Residence. Společnost Inkasný servis v developerském projektu nakoupila 17 bytů za jedno euro. Tím měla obejít povinnost platit z transakce vysoké daně.
Kočner není v kontroverzních obchodech žádným nováčkem. Stojí třeba za Privatbankou, která proslula jako pračka špinavých peněz. Za přijímání vysokých částek v hotovosti bez evidence byla několikrát sankcionována slovenskými i mezinárodními úřady. Kočner se sám ocitl i na takzvaných mafiánských seznamech. Dokument, který údajně vypracovala policie, měl zkompletovat seznam lidí aktivních v organizovaném zločinu. V roce 2011 ho vynesla elitní policistka.
Podnikatel společně s podsvětím organizoval také násilné obsazení televize Markíza v roce 1998. Podnikatel a pak i politik Pavol Rusko televizi založil kontroverzně, bez jasných majitelských struktur. Rada pro vysílání proto odmítala vydat televizi licenci. Stalo se tak až po intervenci známých lobbistů a tehdejšího předsedy Národní rady Slovenské republiky exprezidenta Ivana Gašparoviče .
Sponzorskými dary, které poskytl z úvěru známých lobbistů spojovaných s podsvětím, měl Rusko koupit licenci a začít vysílat tak, aby nepoškozoval HZDS Vladimíra Mečiara. Problém však nastal poté, co Rusko odmítal vyplatit zapojené lobbisty a lidi z podsvětí.
Jeden z nich svou pohledávku prodal právě Marianu Kočnerovi. Ten jako spoluvlastník firmy Gamatex přinutil spolumajitelku Markízy Sylvii Volzovou, aby jako druhá jednatelka Markízy notářsky uznala dluh, který Ruskovi údajně půjčili neznámí podnikatelé na obstarání vysílací licence. 18. srpna 1998 došlo k tajné výměně ochranky Markízy. Po čase se v televizi objevil Marian Kočner s papírem, kterým zbavoval Ruska jednatelské funkce ve firmě.
Po konfliktu a utišení sporu však po necelém měsíci – 15. září – došlo k násilnému obsazení Markízy Kočnerovými lidmi. Že v těch dobách Kočner neváhal použít sílu, dokladuje kromě polovojenské skupiny násilníků, kteří vtrhli do budovy televize i fakt, že Pavol Rusko ze strachu o svůj život zmizel na několik dní a nikdo nevěděl, kde se nachází. Situaci vyřešily až několikadenní protesty veřejnosti a intervence vrcholných politiků. Jak se Kočner s Pavolem Ruskem dohodl, není dodnes známo. Naopak nově je známo, že Rusko sám čelí obvinění z objednávky vraždy bývalé byznysové partnerky Sylvie Volzové.
Kočner jako člověk na hranici podsvětí a legálního podnikání figuroval také v jedné z nejznámějších z her SIS během mečiarismu. Spolu s Michalem Kováčem mladším byl Kočner zapleten v kauze Technopol z roku 1992. Souvisel s tím únos Kováče mladšího do Rakouska, který připravil Ivan Lexa na základě pokynů nejvyššího vedení HZDS. Spletitá kauza, která je dodnes traumatem slovenské justice, přinesla i nájemné vraždy a mezinárodní skandály.
Kočner byl odsouzen za ekonomickou trestní činnost a čelí dalším soudům. Z objednávky vraždy Kuciaka se mu však dlouho daří vyvléct. A to i díky neustálému konspirování Fica a jeho straníků, kteří na desítkách tiskových konferencí a v mediálních vystoupeních či dokonce na mítincích zpochybňují vyšetřování a šíří hoaxy. Celou dobu přitom znají detaily z vyšetřování a Marian Kočner byl přistižen, jak přes svého právníka posílá Ficovi odkazy .
Dalším, na koho se Kuciak v posledních týdnech před smrtí zaměřil, byl oligarcha blízký vládnímu Směru-SD Jozef Brhel. Na začátku února 2018 Kuciak psal o IT firmě Anext a její obchodu se státem. Sídlila v budově tohoto podnikatele a podle Transparency International vyvolává její akcionářská struktura pochybnosti, zda jde o skutečné vlastníky, nebo nastrčené osoby.
Košické větvi poslanců za stranu Směr-SD a jejich propojením s podniky, které získávají dotace, veřejné zakázky, nebo jsou spojovány s různými kauzami, se Kuciak věnoval i na webu Biztweet. Už tehdy byl terčem právních výhrůžek.
Ján Kuciak se však nezaměřoval jenom na poslance ze strany Roberta Fica. Napsal také text o členovi opoziční strany Sloboda a solidarita Romanu Vrťovi, který čerpal neoprávněné dotace a obchodoval s daňovým podvodníkem Ladislavem Bašternákem, který je známý z kauzy Bonaparte.
Věnoval se také dotacím, které získaly firmy oligarchy Miroslava Bödöra. Kuciakově pozornosti neušlo ani pozadí financování resocializačního centra Čistý deň , kterému po dlouhých sporech ministerstvo práce odebralo akreditaci pro podezření ze zneužívání dětí. Kauza je nechutným zrcadlem slovenské elity – navzdory letitým hlášením o zneužívání dívek léčících se v zařízení ze závislosti na drogách stát dlouho zařízení nechal být. Bez bližšího vysvětlení zařízení navštěvovala řada politiků. Mimo jiné tam minimálně jednou směřoval i tehdejší ministr práce, jehož autonehoda v daný pracovní den vzbudila otázky a spekulace. Bulvár totiž zveřejnil, že při bouračce zdravotníci našli vysokou hotovost a prezervativy. V kontaktu s jednou z dívek byl také pozdější kontroverzní předseda parlamentu Boris Kollár. Vše doprovázela nechutná mediální hra, kdy svědectví dívek popíralo vedení zařízení, za vedení se stavěli politici a později se prokázalo, že část z nich dívky motivovala zveřejňovat jejich komunikaci s konkurenčními politiky.
Prezident Andrej Kiska žádal po Kuciakově vraždě rekonstrukci vlády nebo předčasné volby.
„Čekal jsem týden, jaké politické kroky vládní většina udělá, aby se pokusila zmírnit napětí a obnovit důvěru. Zdá se však, že žádné řešení se nerýsuje,“ uvedl Kiska v mediálním prohlášení.
Dodal, že je připravený zemi složitou situací provést. Pokud ovšem očekával smírnou reakci premiéra Roberta Fica, spletl se. Předseda vlády řekl, že jej slova prezidenta šokovala.
„Pan prezident přečetl prohlášení, které zjevně nebylo napsané na Slovensku. Má rukopis lidí, kteří neznají slovenské ústavní zvyklosti. Sledují jiné cíle,“ prohlásil Fico. Jakékoliv návrhy na rekonstrukci vlády odmítal.
