V devadesátých letech se odehrálo také definitivní pohlcení Petrimexu původně dceřiným Agrofertem. Podle zprávy BIS, která proces monitorovala, vznikl plán převzít veškerý obchod s hnojivy, a to ve všech teritoriích, kde předtím působil Petrimex. Tím mělo dojít k propadu tržeb Petrimexu o 30 až 40 procent.
Postupné převzetí obchodu Petrimexu je prokazatelné. Agrofert začal se svou mateřskou firmou válčit na personální, obchodní i právní úrovni. Skolení Petrimexu tak trvalo několik měsíců až let.
29. dubna 1995 ministr hospodářství Slovenské republiky Ján Ducký z hnutí HZDS slovenského premiéra Vladimíra Mečiara vyměnil vedení státního Petrimexu. Andrej Babiš společně s Antonem Rakickým tehdy v klíčových funkcích skončili.
Krátce poté, 2. května 1995, zapsal Krajský obchodní soud v Praze zvýšení základního jmění společnosti Agrofert z milionu korun na čtyři miliony korun. Tímto zápisem se Petrimex dostal do pozice minoritního akcionáře Agrofertu. Po kontroverzní valné hromadě, kde dodnes existuje podezření, že byly podpisy některých hlasujících falšované, zůstal v držení státního podniku čtvrtinový podíl Agrofertu.
Většinu ovládl záhadný a neohlášený investor – švýcarská společnost O.F.I. (Ost Finanz und Investment AG). Podle Babiše stáli za firmou jeho bývalí spolužáci z lycea, které v mládí navštěvoval v Ženevě. Firmu však zastupoval bývalý člen kontrarozvědky SNB Libor Široký a moc detailů se o ní na veřejnost nikdy nedostalo. O tom, zda valná hromada, ve které se Petrimex dostal na druhou kolej, opravdu proběhla, existují pochybnosti.
Jak říká sám Babiš a co lze potvrdit, dalším významným zdrojem peněz pro Agrofert byly úvěry americké Citibank. V tomto bodě je zajímavé, že půjčky Agrofertu přiděloval regionální manažer banky Libor Němeček. Později se stal členem představenstva Agrofertu a na starosti má fúze, akvizice a korporátní financování. Kromě toho je jedním z klíčových lidí v investiční firmě Hartenberg.
Významné dění u vzniku Agrofertu sehrála také zahraniční firma Fertagra. Ta vstupovala do podniků, které později ovládl Agrofert, jako tichý společník. Babiš ji v životopisech a popisech vzniku Agrofertu neuvádí. Je přitom pravděpodobné, že se na rozvoji podílela zejména jako zdroj kapitálu. V devadesátých letech navíc zahraniční investor působil důvěryhodně a jeho investiční plán se takřka samozřejmě těšil pozitivnímu přístupu státních úřadů.
Fertagra vznikla v roce 1995 ve Švýcarsku. V popisu činnosti má uvedený obchod s agrochemickými produkty. Jistě zajímavou a naznačující indicií je, že ve statutárních orgánech Fertagry seděl Švýcar René Kurth, který figuroval také ve vedení O. F. I. Objevuje se také v dalších desítkách švýcarských firem.
