Ačkoli o tom nikdy nemluví a příběh vzniku svého podnikatelského impéria popisuje jako story start-upu v postkomunistických kulisách, ve skutečnosti může Andrej Babiš sloužit coby příklad kontinuity s komunistickou érou. Počátky jeho Agrofertu sahají už do prvních měsíců československé svobody. A kořeny rostou z kypré půdy podniku zahraničního obchodu Petrimex.
Už před rokem 1993, do kterého se oficiálně datuje vznik Agrofertu, Babiš se společníky založil několik nových podniků, které si navzájem pomáhaly finančně i díky know-how z bývalých státních podniků.
I když Babiš označuje za počátek své podnikatelské kariéry a vznik Agrofertu úvěr ve výši čtyř milionů dolarů od americké banky Citibank v roce 1994, ve skutečnosti byl vznik podniku připravován krátce po pádu bývalého režimu. V roce 1990 byla založena slovenská akciová společnost Contix. Předsedou představenstva se stal Alexej Beljajev, manažer podniku zahraničního obchodu Petrimex, kde působil také Babiš. Beljajevovo působení a podnikatelská kariéra spojena zejména s impériem Tatravagónka a napojením na vrcholové politiky, si zasluhuje samostatné místo v Dějinách korupce. Pro tuto pasáž je však důležitá jeho role při vzniku agrochemického konglomerátu budoucího českého ministra financí, premiéra a majitele hnutí ANO.
V březnu 1991 pod taktovkou dalších manažerů Petrimexu vzniká společnost Sima, kterou v roce 1993 začal řídit Ľubomír Šidala, Babišův kolega z Maroka. Později do firmy Sima majetkově přistoupili také Ivan Propper a Erik Rakický, syn tehdejšího šéfa Petrimexu Antona Rakického, který sehrál podstatnou roli v začátcích Agrofertu.
V roce 1991 se v obchodním rejstříku objevila společnost Conamis s ředitelem Petrem Lövingerem. Zástupcem ředitele byl Peter Dubrovay. Oba sehráli významné úlohy při další fázi expanze Agrofertu. Do struktur propojených firem patří také IPF Conamis Investment, kterou v lednu 1992 založila stejná skupina manažerů napojených na Petrimex. Předsedou dozorčí rady byl Andrej Babiš. Firma Savena založena Babišovými souputníky Vojtěchem Agnerem a Vierou Jurkovičovou v roce 1991 o pár let později jmenovala za jednatele Babiše.
V majetkové struktuře firmy Savena se navíc jako společník objevuje další klíčová složka podnikatelského plánu ovládnutí chemického průmyslu – švýcarská společnost Fertagra. Společnost Agrofert byla založena v roce 1993 Petrimexem, který byl jediným vlastníkem firmy. Podle Babiše založení české pobočky inicioval on sám se svými spolupracovníky. Do podniku Agrofert přitekly peníze Petrimexu a přešla tam velká část jeho zaměstnanců. Z výše jmenovaných podniků z dob rozpadu ČSFR přišly zakázky a know-how, které tyto podniky postupně od Petrimexu přebíraly. Je tedy zřejmé, že podnikaví manažeři bývalého podniku zahraničního obchodu nezaháleli a business budovali už krátce poté, co odezněly občanské hlasy sametové revoluce.