Zejména v Česku posiloval během Klausových vlád také vliv Andreje Babiše. Jedním z klíčových obchodů, na které cílil v prvních fázích vývoje svého Agrofertu, byla snaha o ovládnutí Severočeských chemických závodů (Secheza).
O podnik byl zájem ze strany všech hráčů, kteří si dělali zálusk na ovládnutí chemického průmyslu a zemědělství v celém regionu střední Evropy. Továrna totiž vyráběla nejdůležitější meziprodukty pro množství dalších agrochemických výrobků .
Firma disponovala nadstandardním technickým vybavením a unikátními výrobními postupy. Andrej Babiš také poznal dobrou kvalifikovanost lovosických manažerů, které znal již díky spolupráci z dob, kdy za Petrimex domlouval dodávky čpavku.
Právě přes Petrimex Babiš do Sechezy (později Lovochemie) pronikl. V představenstvu Lovochemie byl zastoupen jako statutární orgán od její změny v akciovou společnost, která proběhla v roce 1993. Jako člen představenstva a bývalý manažer obchodující s Lovochemií poznal plusy lovosického podniku. Už během práce pro Petrimex tedy v tichosti plánoval převzetí podniku. Ačkoli to opět nekoresponduje s dnešními popisy rozvoje holdingu, Babiš sháněl peníze na ovládnutí Lovochemie ještě dávno předtím, než se oficiálně podnikatelsky stavěl na nohy.
Podařilo se mu údajně získat úvěr 350 milionů korun od Komerční banky. Díky této sumě měl být dostatečně důvěryhodným zájemcem o společnost v soutěži, kterou vypsal Fond národního majetku. O to nepříjemnější byla porážka, kterou Andreji Babišovi uštědřila v roce 1995 společnost Proferta. Ta byla za podnik ochotna nabídnout přes půl miliardy korun.
Pro Babiše, který v té době ještě budoval své impérium, tak jak je dnes známe, to znamenalo tvrdou ránu. Ziskem příslibu úvěrování a zpětným rušením plánů si totiž zahrával s důvěrou bankovního sektoru. Za Profertou stály podniky Chemapol a Agrobanka. Šlo o outsidery soutěže, a tak Andreje Babiše trápilo, že hodnotnou továrnu ovládli z jeho pohledu amatéři. Ti však podnikali dobře, rozvinuli obchodní kontrakty a slíbili do nových technologií investovat zhruba čtyři miliardy korun.
Ještě důležitější, než Babišův pocit o neschopnosti protivníka, ovšem byla vlastnická struktura, kterou za sebou Proferta schovávala – Hospodářské služby Nymburk, Agra Střelské Hoštice a Bags ovládaná známou německou společností Carl Beiselen.
Většinovým akcionářem ovšem byly Hospodářské služby, jejichž majoritní balík řídil Pavel Švarc. Právě tento držitel měl být dalším Babišovým soupeřem v boji o chemické bohatství Československa. Podnikatel, který krátce pronikl také do českého fotbalu, bojoval o nadřazené postavení v podniku Agropol. Byl tedy jedním z prvních rivalů Babiše. Mezi soky je možné připočítat také Miroslava Janstu. Podnikatel a lobbista, který v letech 1995 až 1997 šéfoval dozorčí radě Hospodářských služeb, je dnes známý jako člověk, který z pozadí ovlivňuje sportovní byznys a dotace.
Babiš to se snahami o Lovochemii nevzdával. K novému ataku využil společnost Agrobohemie. Přes ni ovládl ne přímo Lovochemii, ale Profertu, která se stala vítězem předešlé bitvy o lukrativní výrobnu.
Společnost Proferta naplňovala investiční sliby, jak se v době privatizace zavázala. Problém však vznikl na straně kapitálu. Přišly první zpožděné splátky úvěru, a tedy příležitost pro Babiše. Začátkem roku 1997 se Proferta transformovala na akciovou společnost, ve které byl najednou Andrej Babiš předsedou představenstva. Za nespecifikovaných okolností získala Babišova Agrobohemie v rámci obchodu také menšinový podíl v Lovochemii.
Začátkem roku 1998 začali Lovochemii ozdravovat noví zástupci dozorčí rady a představenstva. Podle oficiální tehdejší verze šlo o lidi ze státního Unipetrolu. Média ovšem brzy upozornila na to, že šlo o lidi blízké Andreji Babišovi. V květnu 1998 pak vedení Lovochemie domluvilo oživující půjčku na rozvoj podniku ve výši 1,3 miliardy korun s Evropskou bankou pro obnovu a rozvoj. Banka ovšem po podniku jako podmínku půjčky požadovala zvýšení základního kapitálu.
Lovochemie díky tomu rozhodla o upsání akcií v hodnotě 250 milionů korun pro společnost Agrobohemie. Firma tak Lovochemii de facto ovládla, naopak Proferta skončila po pár měsících v likvidaci. Smíšené emoce některých bývalých manažerů Proferty a Lovochemie vzbudil fakt, že Andrej Babiš během valné hromady v květnu 1998 působil v pozici předsedy představenstva v Profertě, Agrobohemii i Lovochemii zároveň. Lovochemii vládl přes Agrobohemii a Profertu, na kterou byl navázán nesplacený úvěr Investiční a poštovní banky, nechal zlikvidovat.
Kontroverze později přinesla také trestní stíhání Babiše pro jeho postup. Trestní oznámení podal druhý největší akcionář Proferty Bags a banka ČSOB, která převzala úvěr zkrachovalé Investiční a poštovní banky. Nelíbilo se jí, že se Proferta podivnou kličkou dluhu zbavila. Babiše vyšetřovatelé podezírali ze zneužití informací v obchodním styku a porušení práv při správě cizího majetku. Po třech letech od ovládnutí Lovochemie se případ dostal na stůl speciální jednotky pro potírání korupce a hospodářské kriminality. Podezření vyšetřovala také klasická kriminální policie. Opakovaně odkládaný případ nakonec převzala budoucí vrchní státní zástupkyně Lenka Bradáčová, v té době působící v Litoměřicích. Žalobkyně veřejně slibovala posun v případu a opakovala vážné pochybnosti o postupu Andreje Babiše. Avšak poté, co jí případ vzali a poslali jej na Krajské státní zastupitelství v Ústí nad Labem, vyšetřování utichlo a skončilo bez výsledku.
