Pomníkem Zemanovy korupční éry je dálnice D47, tedy 80kilometrový úseku z Lipníka nad Bečvou přes Ostravu až k polské hranici. Velká show, při níž poklepal na základní kámen této stavby v Ostravě-Svinově premiér Miloš Zeman a ministr dopravy Jaromír Schling, se konala už 21. července 1999. Následně se chystala a dolaďovala jedna z největších špinavostí porevoluční doby. I přes odpor několika statečných odborníků a bez výběrového řízení se připravovala smlouva s izraelskou společností Housing & Construction (H&C). Až 5. června 2002, tedy týden před volbami, sociálnědemokratický kabinet odsouhlasil smlouvu s tímto předem vybraným zhotovitelem. Mělo jít o první českou stavbu realizovanou v rámci tzv. projektu PPP, tedy spolupráce veřejného a soukromého sektoru.
Celkem měla naše vláda Izraelcům za 30 let spolupráce při údržbě dálnice zaplatit 125 miliard korun. Podle expertů, kteří projekt oponovali, bychom za tuto komunikaci zaplatili těch miliard okolo zhruba 500.
Výstavba dálnice však odstartovala až za další vlády, premiéra Vladimíra Špidly a nového ministra, přesně 16. října 2003. Stavba měla být dokončena původně v roce 2009. Naštěstí se tento tunel podařilo stopnout a hrozící stovky miliard ze státního nezmizly. Na jakémsi odškodném stát zaplatil pouze 650 milionů korun.
Mafiánské poměry, které při plánování akce panovaly, jaké manipulace, vazby a výhrůžky se v tu dobu uplatňovaly, později vysvětloval Jiří Petrák, bývalý ředitel české pobočky britské společnosti Mott MacDonald, která Zemanově vládě měla radit s uvedeným projektem. Petrák ovšem s daným řešením kategoricky nesouhlasil.
Bez zajímavosti není ani okruh lidí, kteří se okolo transakce točili. Tak například tajemníkem řídicího výboru k přípravě stavby byl olomoucký šejdíř František Vybíral, někdejší komunistický kádr. Zvláště pozoruhodné pro orientaci Zemana a jeho kumpánů byly Vybíralovy kontakty v postsovětském prostoru. Později se Vybíral – blízký vládci organizovaného zločinu Františku Mrázkovi – stal hlavní postavou další korupční kauzy biolíh.
V roce 1999 Václav Klaus založil občanské sdružení Centrum pro ekonomiku a politiku (CEP) a působil jako první předseda jeho správní rady. V roce 2002 na 13. kongresu Občanské demokratické strany vystřídal Václava Klause ve vedení ODS nově zvolený předseda Mirek Topolánek.
V dalších poslaneckých volbách v roce 2002 opět zvítězila ČSSD a došlo k posílení levice, což bylo vnímáno jako neúspěch ODS i Klause. Vedení ODS dalo následně své funkce k dispozici. Klaus se později rozhodl nekandidovat znovu na předsedu strany a oznámil úmysl kandidovat na funkci prezidenta republiky. Jako svého nástupce doporučil Petra Nečase, ale předsedou ODS byl zvolen Mirek Topolánek a Václav Klaus se stal čestným předsedou strany. Této funkce se vzdal 6. prosince 2008.
Klausova prezidentská kandidatura byla úspěšná, když byl 28. února 2003 ve třetím kole opakované volby zvolen 142 hlasy z 281 prezidentem České republiky. Ve společném hlasování Senátu a Poslanecké sněmovny se prosadil nejen díky podpoře ODS, ale i kvůli rozporům v tehdejší vládní koalici, vnitřnímu boji v ČSSD a podpoře části KSČM. Do funkce byl uveden 7. března 2003. Klausovo první funkční období vypršelo 7. března 2008.
V roce 2008 byl Klausovým soupeřem v první prezidentské volbě ekonom Jan Švejnar, kterého podporoval i bývalý prezident Václav Havel. Volba proběhla 8. a 9. února a nepřinesla vítěze, i když Václavu Klausovi ke zvolení ve třetím kole chyběl jen jediný hlas. V druhé volbě 15. února 2008 byl Klaus ve třetím kole prezidentem zvolen, když získal 141 hlasů.
V daném období se stal Klaus terčem lidových vtipů. Došlo třeba k takzvanému „chilskému incidentu“, když během státní návštěvy v Chile vzal a vložil do kapsy protokolární pero vyrobené z modrého polodrahokamu lapis lazuli. V únoru 2012 Václav Klaus spolu se svými syny a kancléřem Jiřím Weiglem založil studijní a výzkumnou obecně prospěšnou společnost s názvem „Institut Václava Klause“. Činnost institutu však možno definovat spíše jako lobbistickou organizaci. V roce 2015 byl Klaus přistižen, když se v Londýně ucházel o finanční podporu u trestně stíhaného podnikatele na útěku Františka Savova.
Od roku 1990 je Václav Klaus aktivním členem Montpelerinské společnosti, což je sdružení liberálních ekonomů. Jeho projevy však budí spíše emoce konzervativců. Kritici Klausovi vyčítají, že ve snaze zaujmout fanoušky sklouzává k populismu.
To potvrdil během uprchlické krize, kdy kromě xenofobních názorů vyjádřil také kritiku největšího výdobytku Evropské unie – Schengenského prostoru. Dětinské kritizování Bruselu neumí argumentačně podložit a posledně dokonce vyjádřil radost z vystoupení Velké Británie z Evropské unie. Krok, který nepříjemně zasáhl i české občany, pošetile opěvuje a Evropskou unii, do které jeho vláda vstupovala, přirovnává k nacistickému Německu. Během světové pandemie covidu-19 a po ruské invazi na Ukrajinu se také přidal k dezinformátorům a proruským lobbistům.
Období opoziční smlouvy bylo dobou, kdy se demokracie v Česku a na Slovensku ocitla na rozcestí. V Česku vznikala byznysová koalice, která chtěla z politiky vyhnat jakoukoliv soutěž. Na Slovensku vládla ještě hlubší temnota – stát se v rámci boje mezi premiérem a prezidentem dopustil únosu prezidentova syna, co završil objednanou vraždou a bezprecedentními amnestiemi na své vlastní zločiny . Trvalo 20 let, než se tlakem veřejnosti dospělo k politickému rozhodnutí o zrušení části amnestií. Šlo však pouze o symbolický akt, který aktéry nejbrutálnějších zločinů nepotrestal. Ani zlomek podezřelých se kvůli obstrukcím na straně vyšetřování a soudů nedaří postavit před spravedlnost.
3. března 1998 vyhlásil tyto amnestie předseda slovenské vlády Vladimír Mečiar. Nebývalý krok mohl udělat, protože 2. března skončilo funkční období prvního slovenského prezidenta Michala Kováče a část jeho pravomocí přešla právě na premiéra. Tomu trvalo pouze pár hodin, než vyhlásil amnestie na vážné trestné činy týkající se únosu prezidentova syna. Amnestie se týkaly nejenom už souzených případů, ale také některých podezření ještě během prvních stadií vyšetřování. Nebývalá byla také jejich nejasnost a šíře.
Amnestie z premiérovy dílny přímo textově nařizovaly zastavení trestního stíhání za skutky v souvislosti se zmařeným referendem a únosem Michala Kováče mladšího do ciziny.
V případě referenda z května 1997, šlo o snahu Mečiara a jeho garnitury dosáhnout dvou cílů – zamezit vstupu země do Severoatlantické aliance a zabránit zavedení přímé volby prezidenta, na kterého úřad si Mečiar brousil zuby. Referendum mělo tři bezpečnostní otázky včetně dotazu na vstup Slovenska do NATO. Prezident Kováč na základě petice doplnil do referendového hlasování čtvrtou otázku o přímé volbě prezidenta. Ministr vnitra Gustáv Krajči na Mečiarův pokyn navzdory zákonům a politické dohodě zadal pokyn vytisknout hlasovací lístky pouze s prvními třemi dotazy. Ústřední komise pro referendum ho proto musela označit za zmařené. Kromě rizik týkajících se obsahu referenda šlo také o zahrávání si s důvěrou veřejnosti v demokratické instituce, což zřejmě pro Mečiara představovalo jakýsi bonus.
Velmi závažné byly také pasáže amnestií týkající se násilného zavlečení syna prezidenta Michala Kováče do Rakouska v roce 1995. To bylo součástí politického boje mezi premiérem Mečiarem a prezidentem. Kováč odmítal přihlížet vzniku Mečiarovy autokracie, blokoval několik prokorupčních změn zákonů a odmítal jmenovat klíčové Mečiarovy lidi na předurčená místa. Třeba Ivana Lexu na ministra privatizace.
Podle bývalého příslušníka Slovenské informační služby (SIS) Oskara Fegyverese a dalších poznatků vyšetřování se na únosu podílely právě tajné služby pod vedením Mečiarova muže – Ivana Lexy. Ke všemu měl dávat svolení samotný Mečiar. Případ doprovázely četné změny vyšetřovacích týmů, zastrašovaní policistů a informační kampaně. S únosem souvisí i vražda bývalého policisty a mladého právníka Róberta Remiáše, který korunnímu svědkovi Fegyveresovi pomáhal s útěkem do zahraničí a komunikaci. Vraždu vykonalo podsvětí spolupracující s SIS. Pokusům o atentát v zahraničí opakovaně unikl také samotný korunní svědek.
Navzdory tomu, že vyšetřujícím policistům bylo vyhrožováno, či tomu, že vyšetřovateli někdo na zahradu umístil granát, který nevybuchl, zatímco poslanci parlamentu, který na vyšetření případu tlačil, granát na zahradě rodinného domku vybuchl, došlo k postupnému vyšetřování okolností únosu. Dokonce bylo obžalováno 13 do činu zapojených lidí. Ti nesměli být vyšetřováni přímo z únosu, ale ze souvisejících trestných činů. I u nich však soud Vladimíra Mečiara podržel a případ s odvoláním na amnestie smetl ze stolu.
Lexa (šéf tajné služby SIS): „A dáme ještě tomu vyšetřovateli, hej?“
Hudek (ministr vnitra): „No však ten, toho kopnu do koulí.“
Lexa: „Tak zítra ho kopneš do koulí?! Když ho kopneš do koulí, dám ti pusu na čelo.“ (Smích oba)
Hudek: „Já si myslím, že to už je rozhodnuto. To jsem dneska dal pokyny, jak to má vypadat.“
Lexa: „A toho krajského, toho odjebeš také, toho víš, toho našeho?“
Hudek: „To postupně. Však to jsem jim naznačoval, že jako toto, víš no …“
Lexa: „Jasně.“
Hudek: „Já si myslím, že teď se to dobře vyvíjí.“
Lexa: „Dobře, toto je dobře. Co?“
Hudek: „Ty, mám lepší náladu.“
Takto probíhala komunikace na nejvyšší úrovni slovenských bezpečnostních složek v roce 1995. Boží mlýny mlely v případě Lexy a Mečiara až příliš pomalu. Oba v roce 2023 žili v blahobytu, který za cenu lidského utrpení koupili i svým rodinám. Oba přežili v závěru života těžce nemocného Kováče a díky náklonnosti Ficovy strany Smer-SD, do které mnoho ze sponzorů a členů Mečiarovy strany přestoupilo, je amnestie ochránily. Neuspělo sedm parlamentních snah amnestie zrušit. Zrušeny byly až na osmý pokus, v době, kdy byla většina zločinů souvisejících s únosem Kováče mladšího promlčena či „nevyšetřitelná“. I u zbytků případů, kde by vyšetřování mohlo pokračovat, dochází k výměnám vyšetřovacích týmů, či nečinnosti orgánu činných v trestním řízení a soudní moci.
